La diversidad de hábitats, la variada flora, y la fisiografía singular del Parque Transfronterizo, permiten reunir, en este territorio, condiciones favorables para la manutención de una gran diversidad de fauna. Son ejemplo desta diversidad algunas especies consideradas raras y únicas en todo el mundo, como es el caso del lobo (Canis lupus), especie muy protegida por diversa legislación, y otras que por su estado de conservación o por la reducida área de distribución que presentan, asumen una especial relevancia. El corzo (Capreolus capreolus), emblema del Parque Nacional da Peneda Gerês, se encuentra aquí bien representado, con diversos núcleos poblacionales en situación favorable.
Se conocen 15 especies de murciélagos en el Parque, de los cuales 10 poseen el estatus de amenazado. Finalmente, destacar la presencia de especies de particular importancia como la Marta (Martes martes), el armiño (Mustela erminea) y las víboras (Vipera latastei y Vipera seoanei) y del Garrano Salvaje (Equus caballus). De invertebrados destacan dos especies de mariposas (Euphydryas aurinia y Gallimorpha quadripunctata), un escarabajo (Lucanus cervus), y una babosa (Geomalacus maculosus). En los cursos de agua del Parque Transfronterizo existen algunas especies de peces, destacando la trucha de rio (Salmo Truta), como la más característica, y la anguila (Anguilla Anguilla), por su estatus de conservación. Entre otras especies asociadas a los cursos de agua destacan el desmán ibérico (Galemys pyrenaicus), la nutria (Lutra lutra), el mirlo acuático (cinclus cinclus), el lagarto de agua, (Lacerta schreiberi), la rana ibérica (Rana iberica), y la salamandra lusitánica (Chioglossa lusitanica).
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